本所位於金門縣東半島面積約21.71平方公里，佔金門縣總面積的14%，人口數有4萬2824人(計算至106年3月底止由金門縣民政處統計) ，實際居住約2萬1000人。本鎮共有八個里(東門里、西門里、南門里、北門里、古城里、賢庵里、金水里、珠沙里)。本鎮是金門縣五個鄉鎮中土地面積大小排名第三，卻是人口密度最高及行政中心齊聚的城鎮，為金門縣政府及金門縣議會所在地。
衛生所位於金門縣行政中心，緊鄰金門縣政府、金門縣工務局、金門縣警察局金城分局等多個公務機關，所以交通非常便利。門口10公尺內即有公車站牌，共有8路公車可達本所門口，且距離金門縣公車總站1公里內。本所地理位置優越，加上縣籍民眾搭乘公車完全免費政策，非常方便地區民眾來所洽公、就醫。